2005年底，高小燕出任解放軍總醫(yī)院第三〇九醫(yī)院政委。2009年6月，原為解放軍總醫(yī)院（即三〇一醫(yī)院）附屬醫(yī)院的三〇九醫(yī)院整體轉(zhuǎn)隸總參，高小燕除繼續(xù)擔(dān)任三〇九醫(yī)院政委，同時(shí)還是總參管理保障部黨委委員。2012年，高小燕調(diào)往鄭州，擔(dān)任解放軍信息工程大學(xué)副政委、紀(jì)委書記，并從大校晉升為少將，成為為數(shù)不多的女將軍。據(jù)《解放軍文藝》報(bào)道，高小燕擔(dān)任三〇九醫(yī)院政委期間，“干勁沖天，大事忙完一樁又一樁”。文章披露，醫(yī)院建設(shè)了15棟工作人員宿舍樓，建成的三萬平方米可?？恳磺лv車的大型地下車庫，系全國醫(yī)院車庫之最。還新蓋干部醫(yī)療保健大樓、結(jié)核病研究所大樓，改擴(kuò)建了門急診大樓。圖為高小燕舊照。